Comme toute association, l’association « les Amis de Ma-Coop » a désigné un Président et un trésorier. Les avancées du projet de supermarché participatif reposent sur les différents groupes de travail indépendants et autonomes. Le groupe coordination possède une vision globale du projet et des avancées des différents groupes.
Le fonctionnement visé est horizontal selon le principe une personne = une voix. Les coopérateurs utilisateurs du supermarché seront propriétaires du supermarché à travers une coopérative de consommation. Ils achèteront des parts de la coopérative et s’engageront à participer au fonctionnement du supermarché à hauteur de trois heures toutes les quatre semaines.